A nyilasok börtönében
(Ez) a rendszer szemben áll a hittel.
Amikor a puccsal hatalomra került Szálasi Ferenc 1944. november 4-én esküt tett a Szent Koronára, az új nyilas hatóságok valamennyi közalkalmazottól megkövetelték, hogy tegyenek esküt az új hatalomra. Mindszenty József veszprémi püspök ekkor „Nincs eskü!” címmel foglalta össze véleményét Hitler magyarországi kiszolgálóiról: „Ami március 19-én és október 15-én történt, azért ők felelősek. Idegen katonákkal ostromolják meg a budai Várat. Hazudnak, hazudnak. A határok védtelenek, hömpölyög be az orosz, a népünk hontalan. Szálasi minden lesz, a haza pedig kisbírósággá olvad össze, de mint börtön mégis jókora. És esküt kíván a vezér.”
Az erősödő hungarista mozgalom ellensúlyozására hatékony „liturgikus ellenoffenzívába” kezdett, ami a vallási élet fellendítését és a hiteles keresztény szeretet-tanítás megismertetését jelentette. Templomi szentbeszédeiben, közéleti felszólalásaiban elítélte a szélsőjobboldali nézeteket. Nagy bátorsággal rámutatott a katolikus vallás és a nemzetiszocializmus összeegyeztethetetlenségére. 1942-ben Az édesanya kétkötetes, bővített kiadásában a német nácizmust éppúgy elfogadhatatlannak minősítette, mint az orosz bolsevizmust.
A pángermán propaganda ellenében 1942. augusztus 29-én változtatta meg cseh-német eredetű – Pehm – családnevét szülőfaluja, Csehimindszent után Mindszentyre (a névváltoztatást 1939 után másodjára kérelmezte). „A névváltozás nagy gondot okozott. Úgy éreztem, hogy áldozatot hozok. Ötven évig hordtam – úgy érzem – becsülettel. Ha ismertek, ezzel ismertek. Most már az új név inkább a fejfámra kell. Legjobb esetben enged Isten 10 évet munkára, ez már naplemente tollnak, szónak, tusának. Megtettem.’’
Az 1944. október 31-i tiltakozó memorandumot, amelyet az értelmetlen háború folytatása ellen fogalmazott meg három főpaptársával, 1944. november 13-án Szöllősi Jenő miniszterelnök-helyettesnek nyújtotta át a budavári Sándor-palotában. Két hét múlva papjaival együtt őrizetbe vették. A letartóztatást 1944. november 27-én rendelte el a helyi nyilas kormánybiztos, Schiberna Ferenc, azzal a váddal, hogy nem engedett katonákat elszállásolni a püspöki palotában. December 5-én a letartóztatott papokat a helyi fogházba, majd december 22-én Sopronkőhidára szállították és itt őrizték. 1944. december 29-én Mindszenty és társai házi őrizet alatt a soproni Isteni Megváltó Leányai zárdájába kerültek.
Mindszenty püspök szervezetét alaposan megviselte a rabság, melyből végül 1945. április 1-jén szabadult, amikor a szovjet csapatok közeledtére az őrizetére kirendelt csendőrök a reggeli órákban elmenekültek. Hazaútja során a valódi és teljes felszabadulás öröme helyett a szovjet-orosz hadsereg pusztításainak nyomaival, szétesett családok, megerőszakolt nők és elárvult gyermekek fájdalmával találkozott.