a hercegprímás szabadságküzdelme
1944. november 27-én a zsidóság melletti kiállás és a bátor hangú memorandum következményeként letartóztatták. 1945. április 1-jén történt szabadulásáig Veszprémben, Sopronkőhidán és Sopronban raboskodott, az őt védő és ezért szintén letartóztatott közvetlen munkatársaival és kispapjaival együtt. Mire Mindszenty püspök kiszabadult, véget ért a II. világháború. Az országban a német katonák helyét a szovjet-orosz hadsereg vette át, mindkét megszállás rettenetes pusztítást eredményezett.
Amikor nyilvánvalóvá vált, hogy Közép-Európa szovjet uralom alá fog kerülni, Tiszteletreméltó XII. Piusz pápa arra törekedett, hogy a 70 millió katolikus hívő számára olyan főpásztorokat nevezzen ki, akik a német megszállással és a nemzetiszocializmussal szemben ellenállást tanúsítottak.
Személyük biztosítékot jelentett arra, hogy a kommunista diktatúrával és egyházüldözéssel szemben hasonló hűséget tanúsítanak majd, és határozottan fellépnek a hívő közösség védelmében. Ilyen irányelvek szerint került sor Josef Beran prágai érsek, Stefan Wyszyński lengyel prímás és Mindszenty József hercegprímás kinevezésére.
Tiszteletreméltó XII. Piusz pápa 1945. október 2-án nevezte ki Mindszenty Józsefet Esztergom 79. érsekévé és ezzel együtt Magyarország hercegprímásává. Ehhez a méltósághoz ezer év alatt különböző címek, jogok és kötelezettségek társultak.
1945. október 7-i székfoglalásakor így nyilatkozott: „Akarok jó Pásztor lenni, aki, ha kell, életét adja juhaiért, Egyházáért, hazájáért. Akarok lenni népem lelkiismerete. Ébresztgetem nemzetünk megszentelt hagyományait, amelyek nélkül egyesek talán igen, de a nemzet nem élhet.”
Az ország főpásztoraként első feladatának tekintette a háború okozta szenvedések enyhítését, minden lehetséges módot megragadott arra, hogy mind a külföldi hívektől, mind pedig az itthoni magyarságtól tevékeny segítségnyújtást kérjen. Az élelmezési gondok enyhítésében maga járt elöl jó példával. 1946. február 18-án Tiszteletreméltó XII. Piusz pápa bíbornoki rangra emelte, ez a kinevezés nagyobb nemzetközi tekintélyt biztosított számára, ami segítette jószolgálati tevékenységét.
A szovjet befolyás miatt kommunista célokat kiszolgáló kormányzat már 1945-től tudatos és tervszerű küzdelmet indított a vallás szabad gyakorlása, az egyház tekintélye és közéleti jelenléte ellen. A keresztény és nemzeti értékek védelme érdekében Mindszenty József és püspöktársai az országgyűlési választások előtt körlevelet adtak ki, amelyben a választás erkölcsi szempontjait hangsúlyozták.
Mindszenty József az ország közállapotának fokozatos romlását látva népszavazást sürgetett az államforma megváltoztatásának kérdésében, valamint bírálta a politikai rendőrség terrorját.
Mindszenty bíboros elsőrendű feladatának tekintette a hitélet fellendítését, az egyházi iskolák, közösségi szervezetek támogatását és a magyar nemzeti érdekek védelmét. Fontosnak tartotta a magyar katolikus egyház teljes anyagi függetlenségének kimunkálását és így az állam káros felügyeletének csökkentését. Egyik legjelentősebb főpásztori kezdeményezése volt 1947–1948-ban a Boldogasszony tiszteletére rendezett engesztelő imaév.
1945-ben a Szövetséges Ellenőrző Bizottság tagjait a Püspöki Kar nevében arra kérte, hogy engedjék haza a magyar hadifoglyokat. Papjait arra szólította fel, hogy külön lelkipásztori gondozásban részesítsék az internáltakat, és karolják fel az üldözöttek családtagjait. Gyakori mondása volt: „Küzdjünk a demokráciáért, de közben ne feledjük el magát az embert!” A bíboros szinte egyedül emelt szót a német anyanyelvű lakosságot kollektív alapon sújtó intézkedések ellen. Figyelmeztette a hatóságokat, hogy ne kövessenek el olyan igazságtalanságokat itthon, ami joggal sérelmezhető a határ túloldalán élő magyarsággal szemben.